104年9月18日公告起，凡是具工廠登記、公司登記、商業登記或稅籍登記之製造、加工、餐飲、輸入、販售及經地方經建主管機關許可營業之攤(鋪)位使用人及攤販，應全面完成登錄。另，自108年7月1日起，亦將針對具工廠登記、公司登記或商業登記之物流業者要求完成登錄，始得營業。

自110年4月28日起，增訂辦理農產品初級加工場登記，取得登記證之農民或農民團體，及辦理稅籍登記之輸入業者，應申請食品業者登錄。
應登錄之業者請準備讀卡機及工商憑證或負責人之自然人憑證、健保卡，至食品藥物業者登錄平台進行登錄，若業者沒有電腦，或尚未申請工商憑證及自然人憑證，可先行至本處或各衛生所填寫書面方式申請登錄，由本處人員於系統上鍵入資料。惟為確保系統上之資料正確無誤，應於申請工商憑證或自然人憑證後，進入系統確認資料是否正確無誤。