1. 食品產製組：
食品工廠、食品製造業、輸入業源頭管理及餐飲業、校園團膳、例行抽驗規劃等產鏈管理、抽驗及稽查等事項。


2. 食品流通組：
食品廣告、標示、網路食品、健康食品、基因改造製品、特殊營養及食品物流販賣業、烘焙業、食品包裝容器具、
新興食品、飲用水等產鏈管理、營養師證照管理、抽驗及稽查等事項。

3. 藥政醫粧組：
藥事機構、藥事人員管理、藥品、管制藥品、醫療器材、醫療器材商、化粧品管理、抽驗及稽查等事項。

4. 安全組：
人民申請案現場履勘、人民陳情及檢舉違規案件稽查、各業別例行或計畫性稽查、抽驗及輔導、食品中毒及輸入食品先行放行、
中文補標等調查處辦、食品藥物疫情防制稽查、醫藥品質稽查等事項。

5. 檢驗組：
公共衛生檢驗、檢驗方法研析及品質提升等事項。

6. 綜合規劃組：
食品藥物安全綜合規劃、風險管理、研考、法制、行政罰鍰案件管理、公共關係、為民服務、志願服務、產學聯盟、教育訓練、
宣導行銷、資訊系統管理、文書、檔案、印信、庶務、採購、出納、財產管理、工友及適用勞動基準法人員之管理及不屬於其他組之事項。